药师洞座落在大雄宝殿之后，洞内供奉的是药师佛。
　　药师佛是“东方净琉璃世界”的教主，《药师经》中说：他曾经立下过十二大愿，要满足众生一切欲望，拔除众生一切痛苦，消灾延寿。他要使净琉璃世界的一切居民无病无灾，丰衣足食，解脱困苦，身心安乐等。
　　东方净琉璃世界是佛教理想中的净土乐园。在药师洞内，共有三尊坐佛泥像，正中是药师佛，左胁侍是日光遍照菩萨，右胁侍是月光遍照菩萨。药师佛像高约2米，出家男相，身着架裟，赤脚，屈漆而坐，遍体金妆。左手侍钵，内盛甘露，右手持药丸。甘露、药丸，给予天下苦难中的人们。
药师佛也叫“药师琉璃光如来”或“大医王佛”。如来的梵文音译为“多陀阿伽陀”，它是佛 的“十号之一”即如实的意思，如实即真如，指佛所说的“绝对真理”。循此真如能达到佛的觉悟。所以在《成实记》中说：“如来者，乘如实道来成正觉，故曰如来”。《大智变论》也说：“如实道来，故名如来”。